六界分神、魔、仙、妖、鬼、人，其中仙界分为天上仙界与人间仙界，天上仙界位于神界之下、人界之上，分九层，称为九重天；人间仙界多分布于高山海岛之上，最著名的有盘古之心的所在地蜀山与天上仙界的衔接地昆仑山；蜀山自数十年前与“魔尊”一战后日见衰败，现在当今掌门李逍遥的带领下才捎有起色；昆仑八派中自最强的琼华派在数百年前灭亡后，原本位于第二的昆仑派逐渐强盛起来，但规模仍远不及鼎盛时期的琼华。

故事发生在仙剑二的十多年后，主角叶云英原本是镇江的舵手，某日因机缘巧合遇到欲寻仙的少女上官皓羽，两人于是结伴而行踏上了求仙问道的旅途。然而道路并不平坦，途中遇到了许多奇遇，结识了许多伙伴，而他却不知道，因为宿命使他卷入了一场上古时代遗留下来的纷争，他能否摆脱命运的纠葛呢？

人物：

姓名：叶云英

性别：男

年龄：19

武器：剑

属性：风系为主，火系辅助

简介：本为镇江的舵手，因为“工钱事件”被拉上了寻仙之路；少年时代似乎有十分痛苦的回忆，因此几乎没有少年时的记忆；其自身似乎隐藏着巨大力量。

姓名：上官皓羽

性别：女

年龄：19

武器：双剑

属性：水系为主，风系辅助

简介：上官家族的小姐，其祖父是景天的好友，由于阅读了大量的神话古籍，对成仙产生了浓厚兴趣，不顾家人极力反对坚持外出寻仙，结果被其祖父赶出家门，但这反倒更加坚定了她的决心。

姓名：皇甫阳

性别：男

年龄：22

武器：刀

属性：火系为主，雷系辅助

简介：魔刀的第三代传人，王小虎的弟子，性格很大一部分继承了王小虎，但比他要机灵点，其悟性远在他师父之上，17岁时已能独当一面了。

姓名：李忆如

性别：女

年龄：20

武器：杖

属性：土系为主，其他四系辅助

简介：蜀山掌门的女儿，也是女娲后人，但似乎其身份不仅仅如此，拥有许多其他女娲族所没有的特异技能；自16岁后时常会梦见一些上古事件的片段；其实力已远在其母之上。

姓名：南宫彩虹

性别：女

年龄：40（外观20）

武器：枪

属性：水火双属性

简介：南宫煌与温慧的女儿，拥有罕见的阴阳双体质，对整天呆在石村受父母的管制很不满，时不时的也喜欢戏弄弟弟。

姓名：星影

性别：男

年龄：40（外观20）

武器：五行剑

属性：雷系为主，土系辅助

简介：星旋与王蓬絮的儿子，由于父母的关系使之成为半仙半妖，也因此能够练制五毒珠，但因血统不纯，五毒珠只能解毒不能避毒，遇事冷静。