《轩辕剑贰》是大宇资讯旗下经典单机角色扮演游戏《轩辕剑》系列的第二部作品，本代作品剧情延续初代故事，进行了比较完整的补充。主角姓名也作了更改。首次使用水墨风格画面，在当时绝无仅有。从这一代起，《轩辕剑》系列参考《山海经》和《博物经》等史料制作物品和道具，作品开始具有完全的中国味道，确立了全系列的游戏特色与风格，并初次显露出一代大作风范。

画面是古香古色的中国画风，场景、界面、怪物等都是，看起来还是很雅致。想来在当时看到的话应该会觉得眼前一亮吧。介于当时成熟的开发环境以及制作人员的实力，系列第二作《轩辕剑贰》首次将古典水墨画风巧妙融入于游戏内，从此奠定了轩辕剑特有的水墨画风格。符合轩辕文化的古朴美感画面，配上神话气息的世界观、饱满的剧情、巧妙的系统，让玩家津津乐道。仍然有许多玩家四处寻找游戏的安装盘，想要体验原始轩辕剑带给人们的那种感动。

话说盘古开天辟地之初，世界仍处于蛮荒未明之际，女娲神乃是当时唯一生物，因感觉寂寞，于是捏土为人、撮泥为兽，于焉万物始生。然女娲所造之高智能生物中，又大致可分成两类：一类较易学习应用周遭环境的任何器物，或直接取用、或加以改良，以应付身旁诸多困难之事，它们自称为人类。另一类擅长发挥自身能力，或为魔法、或为蛮劲。外貌不尽相同，它们被人类称为妖魔。

长久以来，两类族人渐成势力，结党斗争，自黄帝与蚩尤之战后余波不断，后来人类运用了高超的铸剑技术，造出了一柄无比神奇的神兵利器，以黄帝之姓命名为「轩辕剑」。拥有此剑的一位无名侠士利用此剑斩妖除魔，并领导人类对抗妖魔族，被尊称为轩辕剑侠。由于轩辕剑的出世，使得妖魔族顿时气焰大消，为了找出对付轩辕剑的技巧而寻求对策，最终因意见相左而分成主战及主和两派。主和派的妖魔派出了使者与人类谈合，从此互不侵犯；而主战派的妖魔则主张对抗轩辕剑侠，非得消灭人类不可。主和派的领导者被人称为「善神」，而主战派的领导者则被称之为「恶神」。

然而，就在距今十多年前，原本与人类相近的善神一派，竟与恶神连手向人类展开一场大侵略，被善神出卖的人类全力抵抗，但大多数的人和妖魔在此一战中同归于尽。善神、恶神与轩辕剑侠，亦在此役完结后下落不明、生死未卜……

十七年后，一位年轻小伙子，在其亦父亦师的老师傅扶养之下长大了，这位老师傅将所学尽传于他，并让他在十七岁时下山，要他至江湖中历练一番。

年轻人下山后，发现自十七年前人魔大战之后，人类与妖魔的势力均消长许多，也和平相处了好一段日子。然而好景不常，就在几年前，人类初现了一个以轩辕剑侠为膜拜对象的帮派——轩辕帮。该帮的宗旨在于承继轩辕剑侠毕生斩妖伏魔的誓愿，见妖就斩、见魔就砍，因此打破了人魔势力的均衡，妖魔族的生存空间大受威胁。此时一位自称「恶神」的妖魔为了维护人魔的均势挺身而出。「它」的初现，同时也给大地带来了一些前所未见、凶猛残暴的妖魔与妖兽，「恶神」纠众盘踞于火焰山区，俨然与人类轩辕帮形成对恃的局面。
主人公何然，原本过着与世无争的日子，却因为某种巧合而被卷入一场人魔之战中（见轩辕剑一代情节），也因此得知自己是轩辕剑侠的后代，开始追查当初人魔大战的经过，同时探究这名恶神的真实身份。

何然在旅途中遇见了年纪与自己差不多，且满怀正义之心的年轻黑衣侠——杨坤硕，接着又认识从小在凤凰塔长大，且被妖咒附身的美丽小姑娘－江如红，三人在机缘之下巧遇，又难得年纪相当，于是便结伴同行，共闯江湖。《轩辕剑》故事于焉展开……